Quels sont les meilleurs logiciels de laboratoire pour la gestion des échantillons ?

Créé le 01 décembre 2025 Dernière mise à jour le 29 décembre 2025
Quels sont les meilleurs logiciels de laboratoire pour la gestion des échantillons ?
18:10

le 16 Juin de 14h à 15h

Gestion des échantillons de laboratoire

Pour choisir un logiciel pour gérer vos échantillons, les solutions sont nombreuses, les discours séduisants, et pourtant la question reste entière : lequel suivra réellement vos échantillons du prélèvement à la validation finale, sans dévier de votre manière de travailler ?

Que vous soyez un laboratoire de contrôle qualité, un prestataire de services ou une équipe de recherche et développement, vous avez besoin : d'une réception des échantillons fiable, de statuts précis, d'une traçabilité solide, ou encore de délais mieux maîtrisés...

Dans ce panorama d'exigences, on recentre le débat : quels sont aujourd’hui les logiciels qui tiennent la route lorsqu’il s’agit de gérer des échantillons à grande échelle ? Quels critères examiner pour éviter les écueils classiques (pertes d’informations, doublons, etc.) ? Et surtout, comment basculer vers un nouvel outil sans compromettre vos historiques ni perturber votre organisation ?

On déroule point par point, pour vous permettre de choisir en connaissance de cause et garder la main vos échantillons et les résultats qui en dépendent.

Les 5 logiciels de laboratoire pour la gestion des échantillons en France 

Voici notre tour d’horizon des 5 solutions logicielles, principalement des logiciels de gestion de laboratoire (LIMS) les plus utilisées en France pour la gestion des échantillons, avec leurs spécificités respectives.

AQ Manager LIMS : N°1 en France pour maîtriser chaque étape du cycle de vie des échantillons

Développé par l’éditeur français AQ Manager depuis plus de 30 ans, AQ Manager LIMS est une solution modulaire dédiée au suivi des échantillons dans toute leur trajectoire au sein du laboratoire : de l'enregistrement, en passant par la  préparation, les analyses, les validations, jusqu'à l'archivage et la destruction.

Son atout phare et signature : une architecture personnalisable, capable d’épouser les pratiques concrètes des laboratoires, qu’ils relèvent de l’industrie, de la recherche, de l’agroalimentaire, de la chimie, etc. Tous secteurs confondus

Fonctionnalités clés pour la gestion des échantillons et de l'échantillothèque :

  • Traçabilité continue du cycle de vie des échantillons, 

  • Gestion fine des statuts (réception, en cours, analysé, archivé, détruit),

  • Automatisation des analyses et des calculs associés, 

  • Lien direct entre échantillons, instruments, méthodes et utilisateurs,

  • Gestion des non-conformités et des écarts qualité,

  • Planification des prélèvements, campagnes, séries et essais,

  • Gestion documentaire intégrée (protocoles, méthodes, fiches de prélèvement),

  • Portail et application mobile pour la saisie terrain,

  • Tableaux de bord dédiés à la charge analytique et aux délais de traitement,

  • Connectivité ERP, CRM et instruments. 

👀 Voir toutes les fonctionnalités disponibles pour la gestion des échantillons. 

Toutes les fonctionnalités disponibles du logiciel AQ Manager LIMS

Une approche orientée réalités du terrain

Chaque laboratoire a ses méthodes, ses priorités, et ses outils. AQ Manager l’a compris dès l’origine : le LIMS doit offrir un cadre souple et structuré. C’est pourquoi l’interface est intégralement configurable : les écrans, les menus, les tableaux de bord, les vues d’échantillons, etc. s’adaptent à chaque rôle au sein du labo.

Par exemple, un technicien ne verra pas la même chose qu’un responsable qualité ou qu’un manager. Chacun accède à un environnement épuré, ciblé, qui l’aide à aller à l’essentiel.

Une application mobile pour scanner les échantillons

La mobilité constitue également un avantage décisif.

Pendant un prélèvement, on scanne l’échantillon directement sur place, on ajoute une photo si nécessaire, on vérifie les données tout de suite, sans passer par un carnet ni une saisie différée. Pour les équipes qui se déplacent, cela évite les retours au bureau pour « remettre au propre » et réduit les erreurs de saisie qui finissent toujours par coûter du temps (et de l'argent)

Ipad et menu AQ Manager LIMS

AQ Manager Mobile : votre allié, du labo au terrain, pour une gestion optimale de vos analyses et prélèvements ! 

L'application mobile est dotée d'une fonction de lecture avancée des codes-barres et QR codes. Cette solution vous offre une maîtrise totale de vos échantillons, de vos stocks de consommables et de réactifs, ainsi que de l’ensemble de votre équipement de laboratoire. 

Un logiciel ergonomique et évolutif

Autre différenciateur : une vraie capacité à accompagner la montée en maturité des laboratoires. Le logiciel évolue sans casser l’existant : ajout de modules qualité, renforcement de la traçabilité, intégration de la gestion des instruments, etc.

Pour les laboratoires soumis à audits (ISO 17025, BPF), AQ Manager fournit une documentation prête à l’emploi : historique des modifications, versioning, liens explicites entre échantillons, équipements et résultats. Finies les recherches manuelles de dernière minute.

Les utilisateurs soulignent souvent la réactivité du support, une interface intuitive et un accompagnement clair à chaque étape.

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Menu LIMS avec demande d'essai simplifiée
Exemple de menu AQ Manager LIMS pour les demandes d'essai simplifiées

Inoky : Le LIMS centré sur la gestion des ressources du laboratoire et de la qualité

Inoky propose un ensemble de logiciels orientés qualité, utilisés notamment dans le pharmaceutique, la chimie fine, les cosmétiques, etc.
La solution structure le parcours des échantillons, leurs contrôles, leurs résultats et les documents associés.

Capacités importantes pour les échantillons :

  • Gestion des droits d’accès et sécurisation des manipulations,

  • Gestion centralisée des équipements et ressources liées aux essais,

  • Suivi des stocks, réactifs et consommables qui interviennent dans les analyses,

  • Constitution détaillée des dossiers d’analyse,

  • Gestion documentaire et diffusion des procédures,

  • Interface connectée pour intégrer les mesures et données externes.

Le positionnement d’Inoky en fait un outil solide pour homogénéiser les pratiques autour des échantillons et simplifier les audits en structurant la qualité de bout en bout.

LIMS.Net : Le système de gestion de l'information de laboratoire par LiMSEO

Éditée par LiMSEO, LIMS.Net (anciennement LIMS.fr) est conçue pour répondre aux besoins des laboratoires depuis 1995.
Elle permet de gérer l'activité analytique et administrative du laboratoire, de l'enregistrement des demandes à l'édition des rapports d'essais et l'émission des factures, en passant par le suivi des analyses réalisées sur les échantillons.

Points forts pour la gestion des échantillons :

  • Traçabilité complète des résultats et validations

  • Communication avec instruments et automates pour alimenter automatiquement les dossiers d’échantillons

  • Gestion des prélèvements et tournées terrain

  • Suivi des non-conformités et habilitations liées aux analyses

  • Intégration ERP/CRM et portail client pour suivre ses échantillons en temps réel

  • Etc.

Accessible via un simple navigateur, LIMS.Net facilite le travail multi-sites et la consultation instantanée des dossiers d’échantillons.

LabCollector : La plateforme tout-en-un de gestion de laboratoire et de cahier électronique (ELN)

LabCollector est un LIMS et ELN tout-en-un.  Ce logiciel intranet vous permet de centraliser toutes vos données de laboratoire. Avec LabCollector, les équipes partagent et accèdent à l'information en réseau local ou sur Internet.

Ils utilisent les technologies Open Source et maîtrisent Perl , PHP , MySQL et Linux.  Mais ils proposent souvent d'autres technologies pour mieux satisfaire les clients.  Ils prennent en charge Windows et macOS , ce qui permet de créer des solutions client/serveur innovantes et puissantes pour les laboratoires de biosciences.

Atouts pour le suivi des échantillons :

  • Gestion des échantillons, réactifs et stocks associés

  • Modules ELN intégrés pour relier notes et échantillons

  • Automatisation, planification et facturation intégrées

  • Portail client et saisie terrain

  • Intégration avec capteurs environnementaux (suivi T°, humidité) pour échantillons sensibles

Cette flexibilité exige toutefois une configuration plus technique, ce qui convient particulièrement aux équipes disposant de ressources IT internes.

TEEXMA for LIMS : Le logiciel pour digitaliser l’ensemble de vos données techniques et scientifiques

TEEXMA est une plateforme logicielle modulaire du groupe BASSETTI qui centralise toutes les données techniques, scientifiques et opérationnelles d’un labo. Entièrement paramétrable en no-code, elle propose plusieurs modules dédiés : laboratoire (LIMS), matériaux, production (MES), maintenance, qualité (QMS) ou encore gestion des connaissances. TEEXMA offre une plateforme interconnectée avec les autres systèmes (ERP, PLM, instruments, etc.),

Points clés pour la gestion des échantillons :

  • Gestion des stocks et équipements liés à la préparation et aux essais

  • Planification des essais et réservation des ressources

  • Production automatisée de rapports de validation

  • Gestion du patrimoine technique (REX, documentation, méthodes)

  • Intégration forte avec les systèmes d’information (ERP, PLM…)

La modularité permet de structurer des circuits d’échantillons complexes, avec une montée en charge progressive.

Logiciels de gestion des échantillons : les 7 critères essentiels pour faire le bon choix

Le choix d’un LIMS ne se fait pas sur catalogue. Pour éviter les mauvaises surprises sur le long terme (coûts cachés, système trop rigide, intégration limitée, manque d'accompagnement, etc.), mieux vaut poser les bonnes bases dès le départ.

Voici les principaux critères à prendre en compte pour choisir un outil réellement adapté à votre fonctionnement.

  • 1

    Définir vos objectifs avant de choisir un logiciel de laboratoire

    Avant même de comparer les solutions disponibles, posez-vous cette question : pourquoi cherchez-vous un LIMS ? Automatiser des tâches ? Centraliser vos données ? Mieux tracer les échantillons ? Gagner du temps sur les rapports ?

    Un bon logiciel, ce n’est pas celui qui a le plus de fonctionnalités, mais celui qui coche les bonnes cases pour vous.

  • 2

    Privilégier un outil simple à utiliser et ergonomique pour toutes les équipes

    C’est souvent un point sous-estimé, jusqu’à l’implémentation.

    Un LIMS doit être simple à utiliser pour toutes les personnes concernées, pas seulement les responsables qualité ou les informaticiens.

    Une interface claire, une navigation fluide, des écrans compréhensibles : ce sont des éléments qui vont conditionner l’adhésion des équipes – et donc le succès du projet.

  • 3

    Opter pour un logiciel modulable et évolutif

    Votre laboratoire évolue. Le logiciel que vous choisissez aujourd’hui doit donc pouvoir évoluer avec vous : changer un circuit de validation, s’adapter à une nouvelle réglementation, intégrer un nouvel équipement, ou encore accompagner l'ouverture d'un nouveau site.
    Mieux vaut un outil modulaire et adaptable qu’une solution rigide, même si elle semble complète au départ.

  • 4

    Vérifier la compatibilité avec vos équipements et logiciels existants

    Un bon LIMS ne travaille jamais seul. Il doit pouvoir échanger automatiquement des données avec vos instruments de mesure (balances, HPLC, spectros, etc.), mais aussi avec vos autres logiciels (ERP, CRM, etc.).

    Cela évite les doubles saisies, les erreurs humaines et les pertes de temps. Vérifiez les capacités d’interfaçage du logiciel, et surtout le niveau de personnalisation possible.

  • 5

    Choisir le mode de déploiement : cloud ou une installation sur site (on-premise)

    Certaines solutions fonctionnent uniquement en cloud, d'autres s’installent sur vos serveurs.

    Le cloud est souvent plus simple à mettre en place, avec des mises à jour automatiques et un accès à distance. En revanche, certaines structures préfèrent garder la main sur les données, ou ont des contraintes de cybersécurité. L’essentiel est de choisir une solution qui correspond à votre politique informatique et à vos exigences de sécurité.

  • 6

    Évaluer la qualité du support client et de l’accompagnement

    Un bon logiciel sans support, c’est comme une voiture sans volant. L’implémentation, la formation, la personnalisation, etc. : tout repose aussi sur la qualité de l’accompagnement.

    Est-ce que vous aurez un interlocuteur dédié ? Une équipe qui comprend vos contraintes métiers ? Une hotline réactive ? C’est souvent ce qui fait la vraie différence une fois le projet lancé.

  • 7

    Analyser le coût global du logiciel (et pas seulement le prix de départ)

    Il est important de regarder le coût total sur 3 à 5 ans, pas juste le prix d’achat. Cela inclut la licence, les formations, le support, les mises à jour, les éventuelles personnalisations, etc. Un logiciel « pas cher » au départ peut se révéler coûteux à l’usage si tout est en option. À l’inverse, un logiciel plus cher mais bien dimensionné dès le départ peut vite être rentabilisé.

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Grâce à AQ Manager LIMS et à l’automatisation dans la gestion des échantillons et des consommables, nous avons amélioré la traçabilité et réduit les erreurs potentielles et les non-conformités.
L. Desmartin (technicienne de laboratoire)
IAGE France

Migration vers un nouveau logiciel pour échantillons : les étapes clés à ne pas rater

La mise en place d'un système de gestion de laboratoire est une étape cruciale pour tout laboratoire cherchant à optimiser ses processus, garantir la qualité des données et améliorer l'efficacité opérationnelle.

Ce processus complexe nécessite une approche structurée et des décisions bien informées.

Voici donc les 8 étapes clés qui, selon nos experts, sont indispensables pour réussir l'implémentation d'un LIMS.

Etape du projet Objectif principal Actions clés
1. Définition et analyse des besoins  Formaliser les objectifs et processus Eviter un LIMS qui ne colle pas aux réalités du terrain 
2. Constitution de l'équipe projet Réunir chef de projet + key users + IT Garantir une vision complète et cohérence
3. Préparation des données de base Nettoyer, structurer et modéliser Démarrer sans erreur ni incohérence
4. prototypage et tests fonctionnels Tester les flux, les documents et la conformité Vérifier que tout fonctionne avant d'aller plus loin
5. Personnalisation des flux fonctionnels Ajuster les workflows et les droits utilisateurs Faire du LIMS un outil utile et adapté par toutes les équipes
6. Formation des utilisateurs finaux Préparer les utilisateurs Réduire les résistances et sécuriser le démarrage
7. Démarrage et suivi post-implémentation Coordonner, surveiller et ajuster Assurer une transition douce et maitrisée
8. Suivi et indicateurs de performance  Suivre les KPI grâce aux tableaux de bord Maximiser la valeur du logiciel dans la durée

 

Vous préparez l’implémentation d’un logiciel de laboratoire et vous voulez comprendre, point par point, comment réussir cette phase décisive ? Le replay de notre webinaire détaille chaque étape, avec des exemples concrets issus du terrain. Téléchargement gratuit.

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Conclusion

Le choix d’un LIMS est une décision stratégique qui engage vos équipes, vos données, vos résultats et votre performance sur le long terme. Les logiciels que nous avons présentés ici ont tous leurs points forts – mais c’est en les confrontant à votre réalité terrain que vous ferez le bon choix.

Prenez le temps de définir vos priorités, testez les solutions, parlez à leurs utilisateurs. Et surtout, ne sous-estimez pas l’importance de l’accompagnement. Un bon logiciel de laboratoire, c’est celui qui évolue avec vous, à votre rythme, sans jamais perdre de vue l’essentiel : la qualité, la fiabilité et l’efficacité.