Top 5 des logiciels pour laboratoire LIMS en France

Choisir un logiciel de laboratoire (LIMS) aujourd’hui, c’est un peu comme chercher la pipette parfaite dans un rayon sans étiquette : les options sont nombreuses, les promesses alléchantes, mais quelles sont les solutions réellement adaptées à vos besoins ?

Que vous soyez un laboratoire de contrôle qualité, un prestataire de services ou une équipe de R&D, le bon outil peut transformer votre quotidien.

Dans cet article, on vous aide à y voir clair : quels sont les 5 logiciels LIMS qui comptent vraiment en France ? Quels critères regarder avant de vous lancer ? Et surtout, comment réussir votre migration sans perdre le nord (ni vos données) ?

Suivez le guide, on vous simplifie la sélection.

Logiciels pour laboratoire : comment bien choisir ? Les 7 critères essentiels

Le choix d’un LIMS ne se fait pas sur catalogue. Chaque laboratoire a ses propres méthodes, ses contraintes techniques, et chaque équipe a ses habitudes.

Pour éviter les mauvaises surprises, mieux vaut poser les bonnes bases dès le départ. Voici les principaux critères à prendre en compte pour choisir un outil réellement adapté à votre fonctionnement.

Définir vos objectifs avant de choisir un logiciel de laboratoire

Avant même de comparer les solutions disponibles, posez-vous cette question : pourquoi cherchez-vous un LIMS ? Automatiser des tâches ? Centraliser vos données ? Mieux tracer les échantillons ? Gagner du temps sur les rapports ?

Un bon logiciel, ce n’est pas celui qui a le plus de fonctionnalités, mais celui qui coche les bonnes cases pour vous.

Privilégier un outil simple à utiliser et ergonomique pour toutes les équipes

C’est souvent un point sous-estimé, jusqu’à l’implémentation.

Un LIMS doit être simple à utiliser pour toutes les personnes concernées, pas seulement les responsables qualité ou les informaticiens.

Une interface claire, une navigation fluide, des écrans compréhensibles : ce sont des éléments qui vont conditionner l’adhésion des équipes – et donc le succès du projet.

Opter pour un logiciel modulable et évolutif

Votre laboratoire évolue. Le logiciel que vous choisissez aujourd’hui doit donc pouvoir évoluer avec vous : changer un circuit de validation, s’adapter à une nouvelle réglementation, intégrer un nouvel équipement, ou encore accompagner l'ouverture d'un nouveau site.
Mieux vaut un outil modulaire et adaptable qu’une solution rigide, même si elle semble complète au départ.

Vérifier la compatibilité avec vos équipements et logiciels existants

Un bon LIMS ne travaille jamais seul. Il doit pouvoir échanger automatiquement des données avec vos instruments de mesure (balances, HPLC, spectros, etc.), mais aussi avec vos autres logiciels (ERP, CRM, etc.).

Cela évite les doubles saisies, les erreurs humaines et les pertes de temps. Vérifiez les capacités d’interfaçage du logiciel, et surtout le niveau de personnalisation possible.

Choisir le mode de déploiement : cloud ou une installation sur site (on-premise)

Certaines solutions fonctionnent uniquement en cloud, d'autres s’installent sur vos serveurs.

Le cloud est souvent plus simple à mettre en place, avec des mises à jour automatiques et un accès à distance. En revanche, certaines structures préfèrent garder la main sur les données, ou ont des contraintes de cybersécurité. L’essentiel est de choisir une solution qui correspond à votre politique informatique et à vos exigences de sécurité.

Évaluer la qualité du support client et de l’accompagnement

Un bon logiciel sans support, c’est comme une voiture sans volant. L’implémentation, la formation, la personnalisation, etc. : tout repose aussi sur la qualité de l’accompagnement.

Est-ce que vous aurez un interlocuteur dédié ? Une équipe qui comprend vos contraintes métiers ? Une hotline réactive ? C’est souvent ce qui fait la vraie différence une fois le projet lancé.

Analyser le coût global du logiciel LIMS (et pas seulement le prix de départ)

Il est important de regarder le coût total sur 3 à 5 ans, pas juste le prix d’achat. Cela inclut la licence, les formations, le support, les mises à jour, les éventuelles personnalisations, etc. Un logiciel « pas cher » au départ peut se révéler coûteux à l’usage si tout est en option. À l’inverse, un logiciel plus cher mais bien dimensionné dès le départ peut vite être rentabilisé.

5 logiciels de laboratoire en France : comparatif et conseils

Voici notre tour d’horizon des 5 solutions LIMS les plus utilisées en France, avec leurs spécificités respectives.

1. AQ Manager – Le choix de la fiabilité et de l’agilité

Développé par l’éditeur français AQ Manager, AQ Manager LIMS s’impose comme une solution modulaire et robuste, conçue pour s’adapter aux réalités de chaque laboratoire et de chaque secteur, qu’il soit public ou privé, dans l’industrie, la recherche ou l’agroalimentaire.

Fonctionnalités clés :

• Gestion complète du cycle de vie des échantillons
• Automatisation des analyses et des calculs
• Gestion des non-conformités
• Suivi des équipements, des maintenances et des étalonnages
• Planification des campagnes de prélèvements et des contrôles qualité
• Gestion documentaire intégrée
• Tableaux de bord personnalisables et exports dynamiques
• Connexions possibles avec ERP, CRM, instruments de mesure
• Etc.

AQ Manager séduit de nombreux laboratoires en France, notamment pour sa logique orientée terrain.

Contrairement à certaines solutions très standardisées, il permet de modéliser les workflows au plus proche des pratiques internes, sans passer par de lourds développements. Ce niveau de personnalisation réduit les frictions au quotidien et facilite l’adoption par les équipes.

C’est aussi l’une des rares solutions à offrir une véritable expérience fluide en mobilité : interface adaptée aux tablettes, saisie directe sur site, consultation des données en temps réel. Un atout de taille pour les équipes sur le terrain, souvent contraintes de jongler entre plusieurs outils.

Mais ce qui fait vraiment la différence, c’est sa capacité à grandir avec vous. Là où d’autres solutions imposent un cadre figé, cette solution vous accompagne dans votre montée en compétence : workflows évolutifs, gestion avancée des non-conformités, intégration du système qualité, etc. autant d’éléments qui renforcent la cohérence de vos processus dans la durée.

Si vous vous préparer à des audits, la solution a été pensée pour limiter le stress des inspections : traçabilité complète des actions, versioning des documents, historique des modifications, liens entre les échantillons, les équipements et les analyses.

Résultat : les données critiques sont prêtes à être présentées, sans extraction manuelle ni recherche fastidieuse. Un gain de temps souvent cité par les utilisateurs, notamment dans les environnements sous accréditation ISO 17025 ou BPF.

Les utilisateurs évoquent également les mêmes points forts : support très réactif, interface intuitive, accompagnement humain et clair à chaque étape.

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Des éléments qui expliquent pourquoi AQ Manager est souvent choisi par les laboratoires qui veulent rester autonomes, sans renoncer à la rigueur ni à la conformité.

2. Inoky – Le LIMS orienté processus qualité

Inoky propose un logiciel dédié à l'optimisation des processus qualité.

Notamment présent dans le pharmaceutique, la chimie fine ou les cosmétiques, il permet une gestion conjointe des échantillons, des stocks, des flux physiques et des résultats analytiques.

Fonctionnalités clés :

• Gestion des droits d'accès utilisateurs 
• Gestion documentaire et diffusion sécurisée et ciblée des équipements
• Gestion des équipements et des ressources 
• Gestion des stocks, des réactifs, consommables et solutions préparées
• Gestion précise des dossiers d'analyse
• Interface connectée

Ils proposent une série de logiciels qualité et des services qui standardisent l’organisation et le traitement de l’information pour simplifier les audits.

3. LIMS.fr – LIMS 100% web pour les structures publiques

Développée par l’éditeur français LiMSEO, LIMS.FR est une solution 100 % web, déployée dans des laboratoires publics et spécialisés, notamment dans les domaines environnemental, vétérinaire, hydrologique ou encore agroalimentaire.

Issue de la fusion des expertises de LiMSEO et Locasoft, elle s’inscrit dans la continuité de plus de 20 ans de développement d’outils dédiés à la gestion de laboratoire.

LIMS.FR s’appuie sur une architecture légère (accessible via un simple navigateur), ce qui facilite les déploiements multi-sites ou délocalisés.

Grâce à un portail web client en temps réel, les échanges avec les donneurs d’ordre sont fluidifiés, et certaines actions (comme la saisie terrain ou la consultation des résultats) peuvent être réalisées sans logiciel spécifique ni installation locale.

Côté fonctionnalités, le logiciel couvre, entre autres, celles-ci :

• Saisie, validation et traçabilité des résultats
• Communication avec les instruments et les automates
• Gestion des équipements, des non-conformités et des habilitations
• Suivi des tournées de prélèvements
• Intégration ERP/CRM, facturation, portail client, gestion commerciale

Deux modes de déploiement sont proposés :

• En mode cloud (hébergement sécurisé en France par LiMSEO)
• Sur votre infrastructure, avec un accès 100 % navigateur

4. LabCollector – LIMS modulaire pour la R&D et les biotech

Développé initialement pour les sciences de la vie, LabCollector a su élargir son champ d’application pour répondre aux besoins d’un large éventail de laboratoires, qu’il s’agisse de biobanques, de laboratoires de recherche, de structures pharmaceutiques, chimiques ou de prestataires de services analytiques. Aujourd’hui, la solution est citée pour sa flexibilité et son accessibilité.

Parmi les fonctionnalités les plus plébiscitées :

• Suivi des stocks, des échantillons et des réactifs
• Cahier de laboratoire électronique (ELN) intégré
• Modules d'automatisation, de planification des équipements et de facturation
• Portail de consultation client, saisie terrain et outils de communication intégrés
• Intégration possible avec capteurs environnementaux (température, humidité, etc.)

Sa force, c’est sa flexibilité. Mais cette liberté implique une phase de configuration et de prise en main plus technique. LabCollector s’adresse donc plutôt aux équipes ayant des ressources IT internes ou une culture numérique avancée.

De plus, LabCollector propose un déploiement en cloud ou sur serveur local, avec une tarification adaptée à la taille du laboratoire.

5. TEEXMA for LIMS – Une plateforme structurante pour les laboratoires techniques et réglementés

TEEXMA for LIMS est une solution modulaire développée par l’éditeur Bassetti, s’adresse tout particulièrement aux environnements techniques, industriels et fortement normés, avec des références dans les secteurs automobile, aéronautique, pharmaceutique ou encore cosmétique.

La solution se décline en plusieurs offres permettant de couvrir l’ensemble des processus selon les besoins du laboratoire. Cette granularité permet une adaptation au contexte de chaque structure, tout en garantissant une montée en charge progressive.

L’outil intègre également des fonctionnalités avancées pour :

• La gestion des stocks et équipements (avec planification de maintenance)
• L’exploitation du patrimoine technique (REX, documentation, savoir-faire)
• La planification des essais et la réservation des ressources matérielles
• L’édition automatisée de rapports de validation (notamment dans les secteurs industriels)

La structure modulaire de TEEXMA for LIMS s’inscrit dans une logique de continuité numérique : chaque module s’intègre nativement avec les autres composants de l’écosystème TEEXMA, facilitant ainsi les interconnexions avec les systèmes d’information existants (ERP, PLM…).

Migration vers un nouveau LIMS : les étapes clés à ne pas rater

La mise en place d'un système de gestion de laboratoire est une étape cruciale pour tout laboratoire cherchant à optimiser ses processus, garantir la qualité des données et améliorer l'efficacité opérationnelle.

Ce processus complexe nécessite une approche structurée et des décisions bien informées.

Voici donc les 8 étapes clés qui, selon nos experts, sont indispensables pour réussir l'implémentation d'un LIMS.

Définition et analyse des besoins

La première étape du projet consiste à définir clairement les besoins du laboratoire. Il s'agit d'un point crucial, car une compréhension précise des objectifs et des attentes garantit une base solide pour le reste du projet.

Cette phase comprend :

• L’identification des objectifs : Déterminer ce que le laboratoire souhaite accomplir avec le LIMS.
• La cartographie des processus existants : Analyser en détail le fonctionnement actuel pour identifier les améliorations possibles. 
  
  

Constitution de l'équipe projet

La réussite de l'implémentation repose en grande partie sur la composition de l'équipe projet. Cette équipe doit être pluridisciplinaire pour couvrir tous les aspects du projet. Les éléments clés incluent :

• Le chef de projet : Responsable de la coordination générale et de la gestion.
• Les utilisateurs clés (key users) : Personnes ayant une connaissance approfondie des processus du laboratoire.
• Les partenaires informatiques : Experts en technologie et en intégration de systèmes externes.
  
  

Préparation des données de base

La précision et la complétude des données de base sont essentielles pour un démarrage sans accroc.

Cette étape implique :

• La collecte et l'organisation des données : S’assurer que toutes les données nécessaires (échantillons, méthodes, résultats) sont disponibles et bien structurées.
• La modélisation des données : Préparer les données pour leur utilisation dans le LIMS, en créant des modèles et des formules de calcul adaptés.
  
  

Prototypage et tests fonctionnels

Avant de déployer ce projet à grande échelle, il est crucial de réaliser des prototypes et des tests rigoureux.

Ces étapes permettent de valider le bon fonctionnement du système dans un environnement contrôlé. Les actions clés comprennent :

• Le prototypage des flux de travail : Tester la création des échantillons, la facturation, et l’émission des documents.
• Les tests de conformité : Vérifier que le système respecte les normes de traçabilité et produit des résultats conformes.
  
  

Personnalisation des flux fonctionnels

Chaque laboratoire a des besoins uniques, et le logiciel doit être ajusté en conséquence.

Cette phase de personnalisation garantit que le système soutient efficacement les opérations spécifiques du laboratoire. Cela inclut :

• L’adaptation des workflows : Configurer le LIMS pour qu’il réponde parfaitement aux processus du laboratoire.
• La gestion des rôles et responsabilités : Assurer que chaque utilisateur dispose des accès et droits nécessaires à ses fonctions.
  
  

Formation des utilisateurs finaux

Une formation efficace est essentielle pour que les utilisateurs adoptent pleinement le nouveau système. Pour cela :

• Élaboration d’un programme de formation : Concevoir des sessions adaptées aux besoins de différents groupes d’utilisateurs.
• Sessions pratiques et théoriques : Proposer des formations proches du démarrage pour s’assurer que les utilisateurs sont prêts à utiliser le LIMS dès son lancement.

Le démarrage du LIMS est une étape critique qui doit être bien orchestrée pour assurer une transition en douceur. Après le déploiement, un suivi rigoureux est nécessaire pour détecter et résoudre rapidement les éventuels problèmes. Les actions clés comprennent :

• Coordination des parties prenantes : Assurer une communication fluide entre toutes les équipes impliquées.
• Surveillance continue : Mettre en place des mécanismes de suivi pour ajuster le système en temps réel et garantir son bon fonctionnement.
  
  

Suivi et indicateurs

Après le déploiement, il est crucial de mettre en place des indicateurs de performance (KPI) et des tableaux de bord pour suivre l’efficacité du LIMS et ajuster les processus au besoin. Cela permet de maximiser les bénéfices du système et de garantir une amélioration continue des opérations du laboratoire.

En savoir plus sur les étapes d'implémentation 

Le choix d’un LIMS est une décision stratégique qui engage vos équipes, vos données, vos résultats et votre performance sur le long terme. Les logiciels que nous avons présentés ici ont tous leurs points forts – mais c’est en les confrontant à votre réalité terrain que vous ferez le bon choix.

Prenez le temps de définir vos priorités, testez les solutions, parlez à leurs utilisateurs. Et surtout, ne sous-estimez pas l’importance de l’accompagnement. Un bon logiciel de laboratoire, c’est celui qui évolue avec vous, à votre rythme, sans jamais perdre de vue l’essentiel : la qualité, la fiabilité et l’efficacité.